La investigación limnológica, ecotoxicológica y de monitoreo ambiental se inserta como una línea prioritaria en la Facultad de Recursos Naturales, dada la importancia de los recursos hídricos continentales de la región y del país.
El Laboratorio desarrolla proyectos específicos para generar conocimientos relacionados con el diagnóstico y evaluación de impacto ambiental y sus respectivas propuestas de restauración para sistemas límnicos con especial referencia a ecosistemas acuáticos continentales (lagos, ríos, humedales), en temáticas acuícolas, hidroeléctricos y sanitarios. Se abordan aspectos taxonómicos (biodiversidad), normas secundarias de calidad de aguas (propuestas de normas), evaluación de riesgo, capacidades de carga, toxicología y bioensayos.
La experiencia del equipo humano que trabaja en el Laboratorio se traduce en numerosos estudios científicos y asesorías técnicas realizadas a organismos públicos tales como Ministerio del Medio Ambiente, Dirección General de Aguas, Subsecretaria de Pesca, con financiamiento FNDR (Fondo Nacional de Desarrollo Regional), GORES (Gobiernos Regionales) y Corporaciones de Desarrollo Regionales. Se han realizado asesorías a organismos privados tales como Ingendesa, Aguas Araucania S.A. Bosques Cautin, SalmonChile A.G., ATM Ingenieros y empresas salmoneras en las que se destacan Salmones Multiexport S.A., Landcatch Chile S.A, Marine Farms, entre otras.
Dentro de los campos de investigación la preocupación prioritaria es generar conocimiento relativo a la función de los ecosistemas acuáticos, tanto lacustres como fluviales del centro sur de Chile así como la respuesta de éstos frente a los impactos naturales y/o antrópicos a que están sometidos, derivados de los numerosos proyectos de inversión y/o productivos, se destacan estudios de: Biodiversidad acuática, Limnología avanzada, Limnología física, ecotoxicología y estudios de calidad de aguas, a través de métodos físico-químico y biológico (uso de bioindicadores).